Bacteriile sunt organisme foarte mici care apar natural in apa. Nu toate tipurile de bacterii sunt nocive. Multe organisme aflate in apa nu prezinta un pericol pentru sanatate atata timp cat nu cauzeaza boli. Bacteriile pot fi patogene (care cauzeaza imbolnavire) si nepatogene. Bacteriile patogene produc imbolnaviri precum febra tifoida, dizenterie, gastroenterocolite, infectii hepatice si holera. E. Coli (Eschrichia Coli) sunt bacterii coliforme care sunt cautate in analiza apei. Aceste organisme se gasesc in materia fecala a oamenilor si animalelor. Daca prezenta E. Coli-lor este insotita de valori inalte ale nitratilor si clorurilor, de obicei acest lucru arata o contaminare din apa menajera, fosa septica prin infiltratii sau conducte fisurate. Patru sau mai putine colonii/100 ml coliformi in absenta valorilor inalte nitratilor si clorurilor implica prezenta infiltratiilor din apa de suprafata.

Cele mai comune bacterii nepatogene sunt ferobacteriile. Fero-bacteriile pot fi identificate lasand o mostra de apa peste noapte intr-o sticla si observand un precipitat floconos de culoare rosie. Un alt microorganism este cryptosporidium (parazit protozor de diametru intre 4 si 6 microni). Cisturile trec din stomac in intestinul subtire unde invadeaza tractul gastrointestinal. Simptomele infectiei sunt diareea, crampe, greata si febra.

Pentru eliminarea acestor contaminanti se foloseste procesul de sterilizare al apei.